Добавил вывод ошибки с более подробным описанием необходимых действий пользователю.

Author: pumbaEO

src/core/Классы/МенеджерСинхронизации.os

@@ -1010,6 +1010,11 @@
 	КонецЕсли;
 
 	Если СледующаяВерсия > МаксимальнаяВерсияДляРазбора И СледующаяВерсия - МаксимальнаяВерсияДляРазбора > МинимальнаяРазницаМеждуКоммитамиНовогоХранилища Тогда
+		Лог.Ошибка("Несоответствие версий хранилища 1С и версию в репозитории Git. 
+		|Возможно, сократили/обрезали хранилище. 
+		|Для продолжения синхронизации измените файл VERSIONS в корне репозитория Git, 
+		|Исправьте версию %1 на правильную версию <= версии в хранилище %2", ТекущаяВерсия, МаксимальнаяВерсияДляРазбора);
+		
 		ВызватьИсключение СтрШаблон("Версия git %1 больше версии хранилища %2 на %3", ТекущаяВерсия, МаксимальнаяВерсияДляРазбора, СледующаяВерсия - МаксимальнаяВерсияДляРазбора); 
 	КонецЕсли;